「運転の仕事だから、健康診断もインフルエンザの予防接種も仕事のうち。経費にできるのでは？」——2026年10月〜12月は予防接種のシーズンで、こんな疑問が出やすい時期です。一方で、体のための支出は税金の世界では「仕事の費用」「医療費」「セルフメディケーション税制の要件」と、置き場所が3つに分かれていて、混ざりやすいのも事実です。

この記事では、軽貨物の個人事業主が自分のために払った健康診断・予防接種などの費用を、国税庁の説明をもとに3つの箱へ仕分けます。人を雇っている場合の健診費用の考え方は、国税庁の質疑応答事例をもとに最後に紹介します。

結論：3つの箱は入口条件がまったく違う

先に全体像です。

箱 入口の考え方 健康診断・予防接種との関係
①必要経費 業務を行うために直接必要で、区分できる支出か 自分の体のための支出は「家事上の費用」とみなされやすく、経費にしにくい
②医療費控除 病気やケガの治療のための医療費か 健康診断は原則対象外（例外あり）
③セルフメディケーション税制 健診や予防接種などの「一定の取組」をした人が、対象の市販薬を買ったか 健診・予防接種は「取組をした証明」として使える（書類の記載条件あり）

つまり「義務かどうか」「仕事で必要かどうか」という感覚よりも、それぞれの制度が決めた入口条件に合うかで決まります。

①必要経費：判断軸は「業務に直接必要で、区分できるか」

国税庁の「必要経費の知識」（タックスアンサーNo.2210）では、次のように説明されています。

健康診断や予防接種は、体の状態を調べたり感染を予防したりするもので、車の修理費や燃料代のように「この仕事のため」と区分しにくい支出です。そのため、個人事業主が自分自身の分を経費にするのは難しい、と考えておくのが無理のない整理です。

ただし、国税庁のこのページに「健康診断は経費にならない」と明記されているわけではありません。判断に迷うときは、税務署や税理士に確認してください。

②医療費控除：健康診断は原則対象外（例外あり）

医療費控除は、自分または自分と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費が対象です（国税庁No.1120）。国税庁のタックスアンサーNo.1122とその関連Q&Aでは、健康診断について次の趣旨が示されています。

また、ビタミン剤など病気の予防や健康増進のための医薬品の購入代金は、医療費にならないとされています。

③セルフメディケーション税制：健診・予防接種が「入場券」になる

セルフメディケーション税制は、医療費控除とは別の特例です。国税庁のNo.1129によると、おおまかな仕組みは次のとおりです。

「一定の取組」には、保険者が実施する健康診査（人間ドック、各種健診など）、特定健康診査、市区町村のがん検診、勤務先の定期健康診断、そして定期予防接種やインフルエンザの予防接種などが挙げられています。ここがポイントで、個人事業主でも、インフルエンザの予防接種を受けて、氏名・取組を行った年・医療機関などの名称が入った領収書か予防接種済証を残しておけば、「取組をした」ことの証明に使えます。

注意点は3つです。

  1. 健診や予防接種の費用そのものは、この税制の控除対象にはなりません。 あくまで「取組をした」という条件を満たすためのものです。
  2. 健診は、領収書や結果通知表に氏名・取組を行った年・実施した保険者や事業者、医療機関などの名称が必要で、書類の種類ごとに追加の記載条件もあります（国税庁No.1134）。自費で受けた健診が条件を満たすかは、受診前後に確認しておくと安心です。
  3. 医療費控除との選択は、一度選ぶと更正の請求や修正申告で変更できないとされています。どちらが有利かは、それぞれの控除額（セルフメディケーション税制は購入費の合計−12,000円〔最高88,000円〕、通常の医療費控除は医療費の合計−10万円〔総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等の5パーセント〕〔最高200万円〕）を計算して比べ、申告前に判断してください。

なお、国税庁のNo.1129では、2022年1月1日以後に提出する場合（2021年分以後）、取組を明らかにする書類の添付・提示は不要ですが、確定申告期限等から5年を経過する日までは、税務署から提示や提出を求められる場合があるとされています（2026年4月1日現在法令等の記載）。申告に使わなくても、書類は捨てずに保管しておきましょう。

また、国税庁No.1132では、対象となる購入時期が「令和8年12月31日まで」の区分で示されています。令和8年度税制改正の大綱（財務省）には、この特例の適用期限の延長・撤廃や対象医薬品の見直しが盛り込まれ、これらの改正は令和9年分以後の所得税に適用するとされています。2027年以降の購入分は、国税庁・厚生労働省の最新情報で確認してください。

仕分けの早見表

支出（自分の分） ①必要経費 ②医療費控除 ③セルフメディケーション税制
健康診断・人間ドック 経費にしにくい（家事上の費用の考え方） 原則対象外（重大な疾病が見つかり引き続き治療した場合などは例外） 費用は対象外。「取組」の証明には使える（書類の記載条件あり）
インフルエンザ予防接種 経費にしにくい（同上） この記事では扱わない 費用は対象外。領収書か済証が「取組」の証明になる（書類の記載条件あり）
ビタミン剤などの健康増進目的の薬 同上 医療費にならない 対象は「特定一般用医薬品等」。製品が対象かは確認が必要

人を雇っている場合：従業員の人間ドック費用と給与課税

ここまでは自分自身の分の話でした。人を雇っている事業者が従業員の人間ドック費用を負担する場合については、国税庁の質疑応答事例「人間ドックの費用負担」（源泉所得税、所得税基本通達36-29関係）に次の考え方が示されています。

個別の事情への当てはめは、税務署や税理士に確認してください。

実務メモ：領収書・済証・結果通知は「日報や請求書と同じ場所」に

3つの箱のうち、どれを使うことになっても、決め手になるのは書類が残っているかです。予防接種の領収書や済証、健診の結果通知表は、ダッシュボードや財布に入れっぱなしにすると、申告のときに行方不明になりがちです。日報・請求書・経費の領収書と同じ保管場所（紙ならファイル、データなら同じフォルダ）に一本化しておくと、見つけやすく、帳簿との突き合わせも楽になります。事業用の口座やカードで支払った場合は、経費と私的な支出が混ざらないよう、区別して記帳しておきましょう。

まとめ：今日からやること

税の扱いは年ごとの改正や個別の事情で変わります。最新の正確な情報は、国税庁の公式情報で確認してください。

参考（公的一次ソース）